Madrasah Aliyah Negeri Panekan lahir berdasarkan SK Menteri Agama No 107 tahun 1997, yang merupakan alih fungsi dari PGA 6 tahun yang masih menginduk pada PGA Temboro pada tahun 1967, yang berlokasi di sekitar masjid Syuhada Panekan, selama beberapa tahun PGA ini mengalami kefakuman, kemudian sekitar tahun 1976 dengan di komandani Bapak KH Sumarjo (alm) dan Bapak Sumarmo (alm) dan Bapak H. Romadlon, PGA terebut berubah nama menjadi Madrasah Aliyah Panekan yang menginduk atau sebagai filial dari MAN Takeran, juga menempati tempat yang sama yaitu di sekitar Masjid Syuhada kecamatan Panekan. Madrasah Aliyah tersebut juga tidak berumur panjang seiring dengan perkembangan pendidikan tingkat atas, maka sekitar tahun 1980 MA tersebut praktis tidak mendapatkan siswa sama sekali. Sehingga dianggap tamatlah riwayat MA Panekan. Selang beberapa tahun kemudian tepatnya 1997, ketika Departemen Agama Kabupaten Magetan dipimpin oleh Drs. H. Tabroni, beliau mendapat sebuah Surat Keputusan dari Departemen Agama Pusat tentang Penegerian Madrasah Aliyah Filial MAN Takeran yaitu Madrasah Aliyah Rejosari Magetan. Ketika diterima SK tersebut, beliau berfikir dan membuka sejarah bahwa di Magetan tidak ada MA Rejosari yang berfilial ke MAN Takeran, lalu beliau pergi Ke Jakarta untuk menjelaskan persoalan SK yang turun kepada Departemen Agama. Setelah beliau ceritakan semua bahwa MA Filial dari MAN Takeran ada dua yaitu MA Rejosari Madiun dan MA Panekan, maka bapak Drs. H. Tabroni membawa hasil bahwa kedua MA filial MAN Takeran baik MA Panekan maupun MA Rejosari Madiun sama-sama di negerikan. Sepulang beliau dari Jakarta maka dikumpulkanlah para tokoh di Kecamatan Panekan, seperti KH. Sumarjo, Sumarmo, H. Romadlon, H. Kusman, H. Suripno, juga Kepala Madrasah di lingkungan Kecamatan Panekan, yang dikandung maksud bahwa di Panekan akan di dirikan Madrasah Aliyah Negeri Panekan. Berdasarkan hasil musyawarah tahun 1997, para tokoh pendiri Madrasah bersepakat untuk segera beroperasi, sehingga izin operasipun dikeluarkan oleh Departemen Agama tertanggal 17 Maret 1997, dengan di nahkodai oleh bapak H. Shoimun sebagai Pjs. Kepala MAN Panekan yang bertempat di MIN Turi karena belum memiliki gedung sendiri. Kemudian atas keikhlasan Bapak H. Suripno beliau menghibahkan sebidang Tanahnya untuk di tempati Gedung Madrasah Aliyah Negeri Panekan. Seiring dengan peningkatan prestasi di bidang akademik mapun non akademik, maka dari tahun ke tahun orag tua yang berminat menyekolahkan putra putrinya ke madrasah ini juga semakin besar baik dari magetan maupun luar magetan. Ditinjau dari segi kelembagaan MAN Panekan mempunyai tenaga akademik yang handal dalam pemikiran, memiliki manajemen yang kokoh yang mampu menggerakkan seluruh potensi untuk mengembangkan kreativitas civitas akademika serta memiliki kemampuan antisipatif masa depan dan proaktif. Selain itu MAN Panekan memiliki pemimpin yang mampu mengakomodasikan seluruh potensi yang dimiliki menjadi kekuatan penggerak madrasah secara menyeluruh. Sejak resmi memiliki sebutan MAN Panekan, madrasah ini telah mengalami 6 masa kepemimpinan yaitu :

1.        Drs. Ismanu (1998 – 2002)

2.        Drs. Muharom (Januari 2003 – Juni 2003 )

3.        Drs.Noor Syamsi, M.Pd.I (2003 – 2012)

4.        Drs.Ali Mursidi, M.Pd.I (2012-2013)

5.        Drs. Sutrisno, MPdI (2013-2014)

6.        H. Sardjo, S.Ag (2014 – 2016)

7.        Nurhadi, M.Pd.I (2016 – 2022)

8.        Basuki Prihatin, M.Pd.

Di bawah kepemimpinan orang-orang tersebut, MAN 3 Magetan mampu memberikan sumbangan yang terbaik bagi kemajuan iptek yang didasari oleh kemantapan imtaq.